南昌大学拥有哲、经、法、教、文、史、理、工、农、医、管等11个学科门类，是江西省唯一一所列入国家“211工程”全国重点建设综合性大学，并被国家教育部正式确定为江西省唯一重点支持、部省共建的高校，2005年8月，南昌大学与江西医学院实质性融合组建新的南昌大学。为适应学位与研究生教育发展的需要，学校于1993年设立研究生处，2002年改为研究生部，2003年成立研究生院（筹）。研究生院是在校党委和行政领导下负责统筹、协调和管理全校学位与研究生教育工作的行政管理机构。研究生院机构设置为：招生办公室、培养办公室、学科建设办公室、专业学位办公室、学生工作办公室、综合办公室。南昌大学学位委员会挂靠研究生院。鉴于实际情况和工作需要，2005年底，设立了研究生院医学部。
 

　　南昌大学研究生院现有3个一级学科博士学位授权点（ 1、管理科学与工程、2 食品科学与工程、3 材料科学与工程）、29个二级学科博士学位授权点，共32个博士点；20个一级学科硕士学位授权点、177个二级学科硕士学位授权点，共197个硕士点；4个博士后流动站（材料加工工程、食品科学与工程、机械工程、临床医学）。现有国家重点实验室1个（食品科学与技术国家重点实验室），国家重点学科2个（材料物理与化学、食品科学），教育部重点实验室2个（食品科学教育部重点实验室、鄱阳湖生态环境与资源利用教育部重点实验室），教育部工程中心2个（教育部发光材料与器件工程研究中心、教育部生物质转化工程研究中心），教育部人文社会科学重点研究基地1个（中国中部经济发展研究中心），教育部创新团队2个（“食品质量与安全” 创新团队、“半导体照明技术”创新团队），国家级临床药理基地1个，国家干细胞工程技术研究中心江西分中心1个，国家级实验教学示范中心1个（工程力学实验中心），国家级精品课程2门（《现代汉语》、《高等数学》），国家双语教学示范课程1门（《基因工程》），江西省“十一五”重点学科41个，省级品牌专业36个，省级医学领先专业16个。
昌大研究生院并设有南昌大学北京研究院，中德联合研究院、中德食品工程中心、中法工商管理教育培训中心、中英学院、军工研究生院、高等研究院等办学机构。 在由中国管理科学研究院《中国大学评价》课题组提供的《2008中国大学研究生院前100名各学科实力一览表》中，南昌大学研究生教育位列总体实力第97位。
 

　　研究生院在做好统招博士生和硕士生的招生、培养等工作的同时，还致力于其它类型的学位与研究生教育工作，如公共管理硕士、工商管理硕士、工程硕士（16个工程领域）、法律硕士、临床医学硕士、口腔医学硕士、高校教师在职攻读硕士学位（15个专业）、在职人员以同等学力申请硕士学位等；并积极开展中法合作培养工商管理硕士、医院管理硕士和中英合作培养计算机信息技术与软件工程硕士，中法合作培养工程师硕士等工作。目前，全校各类研究生总数近8000人。
 

　　根据国务院学位委员会《关于批准新增法律硕士等类别专业学位研究生培养单位的通知》，2009年6月南昌大学新增为临床医学博士、教育硕士、艺术硕士和公共卫生硕士专业学位研究生培养单位。其中新增的临床医学博士专业学位使我省专业学位研究生教育提升到了博士层次。